Гимназия во имя Иоанна Богослова является негосударственной некоммерческой образовательной организацией, которая имеет лицензию и государственную аккредитацию. Все средства, получаемые от ее деятельности, направляются на образование и развитие материально-технической базы гимназии. Финансирование деятельности гимназии осуществляется за счет родительской платы и за счет выделения субсидий из бюджета г.Москвы.  В соответствии с ППМ № 640 от 28.12.2011 и ППМ № 2155-ПП от 22 декабря 2021 г. субсидии из бюджета города в целях возмещения затрат в связи с предоставлением гражданам общего образования и бесплатного питания в период обучения выделяются школе в размере 15 445,78 руб. в месяц на учащегося 1-4 класса, 17 779,11 руб. в месяц на учащегося 5-9 класса, 20 001,33 руб. в месяц на учащегося 10-11 класса, проживающего/зарегистрированного на территории г.Москвы. Дети не москвичи такую субсидию не получают, что и учитывается в плате за обучение.